"Upgrade di Android - avvio applicazioni" ad ogni riavvio

Ieri ho ricevuto l'aggiornamento OTA alla 4.3, l'ho forzato cancellando i dati del google service framework e fatto la ricerca aggiornamenti in modalità aereo, una volta scaricato si è installato ma si è bloccato l'avvio sulla X per almeno 15 minuti, così ho levato la batteria. Non essendoci verso che il Nexus si riavviasse (nemmeno in modalità recovery), ho proceduto a flashare l'aggiornamento manualmente, seguendo questa guida (senza perdere i dati) How To: Flash Your Galaxy Nexus Takju Or Yakju To Android 4.3 (JWR66V) And Root It Right Now [SCENARIO 2]. Sono riuscito quindi a riavviare tutto. Ora però mi compare, ad OGNI avvio, la dicitura "Upgrade di Android - avvio applicazioni". I file odex hanno già tutti i permessi rw-r-r-. Con Link2SD ho anche pulito la dalvik (segnalava alcuni file come inutili), ma niente, ancora compare la dicitura. A cosa è dovuto il problema? Qualcuno sa aiutarmi? Non voglio fare un ripristino ai dati di fabbrica perdendo tutto.
Note:
Ho il root.
Bootloader sbloccato.
Ho rom toolbox per bloccare la pubblicità tramite file host.